Hans Schwabenthaler starb bereits 1656. Sein Sohn Thomas war erst 22 Jahre alt, als er die Werkstatt übernahm. Er musste für die Mutter und fünf jüngere Geschwister sorgen. Daher konnte er nicht auf Wanderschaft gehen und bei anderen Bildhauern lernen. Trotzdem erhielt er fünf Jahre später einen Großauftrag. Ab 1661 gestaltete er den Hochaltar der Rieder Pfarrkirche. Da er damals noch keine Bürgerrechte besaß, musste der Rieder Pfarrer Johann Jakob Haurapp für ihn bürgen. Nach der Heirat mit der Rieder Bürgerstocher Eva Vorburger nennt sich die Familie Schwanthaler. 1667 gelang es Thomas die Bürgerrechte für sich und seine Familie zu erwerben. Zwei Jahre später kaufte er für den stolzen Preis von 380 Gulden ein Haus in der damaligen Priesterzeile, die heute Schwanthalergasse heißt. 1669 erhielt er den Auftrag für den Florianialtar der Rieder Bierbrauerzunft in der Rieder Pfarrkirche. Seine Werke brachten ihm Anerkennung, Ansehen und viele Aufträge auch weit über seinen Geburtsort hinaus.

Um im Konkurrenzstreit mit Veit Adam Vogl besser dazustehen, kaufte Thomas Schwanthaler 1679 einen Wappenbrief. Aus diesem Dokument geht hervor, dass er seine Werke aus Stein, Elfenbein, Holz und Bronze fertigte. Das zum Namen passende Wappen zeigt einen Schwan mit einem Taler im Schnabel.

Im Jahr 1707 starb Thomas im Alter von 73 Jahren. Trotz seiner vielen Großaufträge hinterließ der erfolgreiche Bildhauer seinen Nachkommen einen Schuldenberg, der nicht zuletzt aus vielen Rechtsstreitigkeiten resultierte.

Thomas Schwanthaler ist in der Barockzeit der wichtigste Bildhauer der Innlandschaft. Seine Skulpturen sind noch heute Glanzpunkte in Klöstern und Kirchen. Sie finden Thomas Schwanthalers Werke zum Beispiel in Gmunden, St. Wolfgang, Maria Plain bei Salzburg oder Reichersberg am Inn.